تُعدّ الدراسات العليا في أقسام كلية علوم الهندسة الزراعية جزءًا أساسيًا من تطوير البحث العلمي والنهوض بالقطاع الزراعي. تهدف هذه البرامج إلى تأهيل كوادر علمية متخصصة قادرة على تقديم حلول مبتكرة ومستدامة للتحديات الزراعية والتكنولوجية، سواء على المستوى المحلي أو الدولي. وتغطي برامج الدراسات العليا مجالات متقدمة في علوم الإرشاد ونقل التقانات الزراعية، الاقتصاد الزراعي، الانتاج الحيواني، البستنة وهندسة الحدائق، الأغذية والتقانات الاحيائية، التربة والموارد المائية، المحاصيل الحقلية، المكائن والآلات الزراعية، مكافحة التصحر، ووقاية النبات. وكذلك تصميم الأنظمة الزراعية المستدامة. كما توفر لطلاب الدراسات العليا بيئة بحثية متكاملة تتيح لهم تطوير مهاراتهم الأكاديمية والتطبيقية، والمساهمة في البحوث الموجهة لخدمة المجتمع، وتعزيز الأمن الغذائي، وتحقيق التنمية الزراعية المستدامة.